Этапным для развития науки на Дальнем Востоке оказался 1943 год. На фронтах войны свершился перелом, и наука стала понемногу возвращаться в Приморье. Принимается решение о создании в Приморье Дальневосточной базы Академии наук СССР. Ученым базы вменялось возглавить изучение производительных сил Дальнего Востока и помочь краевым организациям в разрешении проблем, вставших перед народным хозяйством региона в связи с военной обстановкой. Структура ее определялась требованиями, предъявляемыми к научно-исследовательской работе, перспективам развития народного хозяйства Дальнего Востока.

В период организации и становления она состояла из почвенно-ботанического и зоологического секторов, Горно-таежной станции и заповедников Кедровая падь и им. Комарова. В 1945 году был организован химический сектор, а в 1946 году геологический. Создание базы позволило привлечь в Приморский край высококвалифицированных специалистов и научных работников. В штате базы числилось 47 научных сотрудников.

До осени 1946 года база размещалась в Уссурийске, а затем она была переведена во Владивосток, где ей было предоставлено под служебные помещения и лаборатории одно из лучших зданий в центре города.

В период Великой отечественной войны и в первые послевоенные годы база проводила довольно значительный круг исследований, что дало более полное и глубокое знание природных ресурсов края и позволило науке полнее, лучше и быстрее удовлетворять требования народного хозяйства края.