В целях усиления роли науки в социально-экономическом развитии региона в сентябре 1987 года правительственным постановлением Дальневосточный научный центр АН СССР был преобразован в Дальневосточное отделение АН СССР. Теперь уже в рамках Отделения были созданы в 1988 году Институт прикладной математики и Институт проблем морских технологий во Владивостоке, Институт машиноведения и металлургии в г. Комсомольске-на-Амуре.

В дальнейшем, несмотря на сложные финансовые условия, удалось создать в 1991 году Институт материаловедения в Хабаровске, Институт вулканической геологии и геохимии и Камчатский институт экологии и природопользования в Петропавловске-Камчатском, Институт комплексного анализа региональных проблем в Биробиджане, Ботанические сады в Южно-Сахалинске (1990 г.) и Благовещенске (1994 г.), Международный научно-исследовательский центр "Арктика" в Магадане (1991 г.) и Научно-исследовательский центр "Чукотка" в Анадыре (1991 г.). В итоге удалось несколько изменить ситуацию с распределением научных специальностей в академической науке Дальнего Востока.